Dalam rangka mewujudkan tujuan-tujuan yang telah ditetapkan maka sruktur organisasi yang diterapkan di MI Negeri Jetis adalah tipe oraganisasi Fungsional, dimana pembagian hak dan kewajiban didasarkan pada fungsi yang diemaban oleh unit kerja dan terbatas pada tugas – tugas yang memerlukan keahlian khusus. Oleh karena itu personal yang diangkat dan menerima wewenang adalah mereka yang mempunyai keahlian dibidangnya.
Dalam struktur organisasi MI Negeri Jetis yaitu, Kepala Madrasah dibantu 6 orang sie., seorang Koordinator pegawai TU dan Kepala Perpustakaan. Sie. I bidang Kurikulum, Sie. II bidang Kesiswaan, Sie. III bidang Saran dan Prasarana, Sie. IV bidang Keimanan dan Ketaqwaan, Sie. V bidang Humas sedangkan Sie. VI bidang Penelitian dan Pembangunan.
Adanya pembagian-pembagian tugas itu dimaksudkan untuk mengefektifkan dan memaksimalkan pelayanan kepada siswa sehingga yang diharapkan dapat tercapai. Dengan struktur ini maka fungsi dn keberadaan kepala Madrasah lebih tertumpu pada aspek perencanaan, pengorganisasian, penggerakan dan pengawasan kegiatan pendidikan yang diselenggarakan MI Negeri Jetis.