Sejak awal berdirinya tahun 1993 sampai sekarang MI Negeri Jetis dipimpin oleh beberapa Kepala Madrasah :
1. Kasino, S.Ag ( 1993 sampai 2006 )
2. Bahren Ahmadi, M.Ag. ( 2006 sampai 2011 )
3. Danuri, M.Ag. ( 2011 sampai 2020 )
4. Wiretnoningsih Nurhayati (2020 sampai sekarang)
Selama kepemimpinan mereka telah banyak kebijakan yang telah dilakukan antara lain :
- Mengadakan pertemuan rutin setiap hari Sabtu, sebagai wahana komunikasi antara guru, karyawan dan kepala Madrasah. Pada pertemuan itu dibicarakan berbagai permasalahan, tantangan dan peluang yang ada untuk dipecahkan bersama-sama.
- Mengubah kebiasaan guru yang kurang baik, seperti masuk dan keluar kelas tidak tepat waktu.
- Melakukan studi banding ke sekolah-sekolah yang dipandang unggul, baik prestasi akademik, maupun prestasi non akademiknya.
- Pembenahan dan penertiban administrasi, supaya mudah dalam pelaksanaannya dan pengecekannya.
- Mengubah penampilan fisik Madrasah, seperti menambah gedung bertingkat, penataan lingkungan Madrasah kelihatan bersih, rapi dan indah. Pengecoran halaman Madrasah supaya tampak indah dan kalau hujan tidak becek.
- Meningkatkan aktifitas murid dengan menggiatkan pelajaran intra kurikuler maupun ekstra kurikuler, seperti melaksanakan program gemar membaca, gemar menabung, mengaktifkan UKS dan lain-lain.
- Menambah sarana dan prasarana pengajaran seperti : pengembangan perpustakaan, audio visual, penambahan ruang belajar dan pembangunan laboratorium.
- Meningkatkan kualitas guru, ditempuh dengan mendorong para guru untuk sering dikirim mengikuti diklat, penataran, seminar dan work shop.
- Meningkatkan kualitas pembelajaran, yang dilakukan dengan berbagai cara, antara lain :
- Tahfizul Qur’an atau mengaji sebelum pelajaran dimulai, untuk menanamkan nilai-nilai keislaman dan kegemaran membaca Al Qur’an.
- Pengadaan papan pajangan (display) di setiap kelas, untuk memotivasi dan menghargai hasil karya murid.
- Menerapkan sistem guru bidang studi sejak kelas IV, untuk menciptakan profesionalisme
- Menata struktur organisasi Madrasah. Hal ini untuk memperjelas dan melancarkan manajemen Madrasah, sehingga setiap orang mengetahui tugasnya masing-masing dan mudah untuk mengontrolnya.
- Meningkatkan kesejahtraan guru dan karyawan, karena mereka merupakan ujung tombak kunci keberhasilan Madrasah.
- Penyebarluasan informasi perkembangan prestasi MI Negeri Jetis ke masyarakat.
- Menjalin kerjasama yang harmonis dengan orang tua murid. Disini peran orang tua tidak sekedar sebagai sumber dana, tetapi juga sebagai mitra kerja dalam pembangunan program.